昭和25年 5月

戦後の船舶民営還元を機会に資本金200万円にて北海道炭礦汽船(株)の石炭輸送を目的として運航船一隻にて設立される。
その後、同社の支援と協力により増資と運航船の増強を行う。

昭和33年10月

北海道炭礦汽船(株)の海上輸送炭の全量元請船社となる。

昭和34年 9月

国の計画造船の適格船主に推薦され、夕張丸建造により外航に本格進出。

昭和34年11月

稼働率の飛躍的向上を期し、船舶の画期的改造により我が国初の石炭専用船北星丸を建造。この後石炭専用船および外航船6隻を建造。

昭和36年 4月

資本金を5億円に増資。

昭和38年 3月

近代化船石炭専用船日高丸建造（船舶整備公団との共有船）。この後昭和41年まで同近代化石炭専用船5隻を建造。

昭和39年 4月

海運業の再建整備臨時措置法により当社所有外航船3隻を売船譲渡。

昭和39年 8月

関連事業進出の一環として陸上交通量の増大に着目、カーフェリーの定期航路開設を企画し、日本カーフェリー(株)を設立。

昭和42年 4月

内海海運産業株式会社設立。

昭和63年 8月

石炭輸送以外の新たな貨物獲得のためROROコンテナ船北王丸を建造。

平成 3年 2月

石炭専用船空知丸を解撤し、貨物船北翔丸を建造。

平成 4年 1月

新規貨物獲得のため混載自動車運搬船日王丸を建造。

平成 7年 5月

日王丸の貨物輸送量増大と性能向上のため、船体延長の改造工事を行う。

平成11年12月

RORO型貨物船新北王丸を建造。

平成13年 5月

日産自動車の大動脈海上輸送に貢献するためRORO船日龍丸を建造。同船は大型船では初めてのエコシップ（環境負荷低減船）に認定される。

平成20年 9月

環境対策のために研究開発していたスーパーエコシップ（6350DWT型ハイブリッド式電気推進一般貨物船）が新エネルギー産業技術総合開発機構の省エネルギー事業に認定される。

平成23年 2月

スーパーエコシップ（6350DWT型ハイブリッド式電気推進一般貨物船）北翔丸を建造。

平成24年 1月

省エネタイプRORO貨物船（電子制御エンジン、太陽光発電、LED照明等）の日王丸を建造。

平成26年 8月

RORO型貨物船北王丸を建造。

平成29年 5月

RORO型貨物船神北丸を建造。

平成31年 2月

琉球エキスプレス６（元日龍丸）をマルエーフェリー(株)から裸傭船。

平成31年 2月

RORO型貨物船ぶぜんを建造。

令和 2年 6月

RORO型貨物船白虎を建造。

令和 4年 6月

加藤由起夫 代表取締役社長に就任。

令和 4年 12月

琉球エキスプレス2をマルエーフェリー(株)から裸傭船。

令和 7年 11月

新造船 就航予定。